Em Hinamizawa, os Sonozaki têm mantido as irmãs gêmeas Mion e Shion separadas desde que se conseguem lembrar. Após fugir do Colégio St. Lucia, Shion retorna a Hinamizawa e consegue um emprego de meio período enquanto finge ser Mion. Ela conhece Houjou Satoshi, um rapaz da sua idade, por quem se apaixona loucamente. Mas quando ela toma conhecimento da horrível situação familiar de Satoshi, começa a ressentir-se de todos os que estão na sua casa, até da sua irmã mais nova, Satoko. Quando as tensões aumentam e Satoshi desaparece abruptamente, Shion começa a suspeitar que a sua própria família pode ter tido algo a ver com o seu desaparecimento. A busca de Shion pela verdade vai enviá-la em espiral por um caminho sombrio de loucura e desespero.