A história se passa numa linha paralela à de Fate/stay night, onde o Graal foi retirado da cidade de Fuyuki depois da Terceira Guerra, dessa forma, anulando os eventos de Fate/Zero e Fate/stay night. Ela se foca no conflito entre duas facções opostas, a Vermelha e a Preta, cada qual invocando os sete Servos, e o próprio Graal invocando uma classe especial de servo, Ruler, que serve de mediador da Guerra Santa. Os membros da facção preta foram enviados pela Associação dos Magos da Torre do Relógio, enquanto os da facção vermelha são parte do grupo romeno Yggdmillennia.