Continuação direta do mangá "Samurai X" Himura Kenshin, conhecido como Battousai, um lendário assassino, que empunhava sua espada pelo bem dos outros, vive uma vida pacífica em Tokyo no ano 16 da Era Meiji, com sua esposa Kaoru e seu filho Kenji. Um dia, uma fotografia revela que o falecido pai de Kaoru, Koshijiro, está vivo em Hokkaido. Com apenas essa informação, os membros do Dojo Kamiya embarcam em uma aventura pelo mar na esperança de encontrar notícias sobre o pai de Kaoru e o motivo pelo qual ele está sendo um alvo.