1998, 50 anos após a nação mundial ser dividida devido a confusão causa pelo aumento do número de "Choujin". Um avião em queda foi avistado levantando uma fumaça negra, aparentemente, causado por um Choujin. Entretanto, por algum motivo, o acidente causou poucos danos à aeronave, e além disso, havia 200 sobreviventes. Na volta pra casa após se voluntariarem para ajudar os que lidavam com o acidente, os estudantes de ensino médio, Kurohara Tokio e Higashi Azuma, se encontram com um criminoso já conhecido, mas... algo parece estar diferente do normal.