Reploids, que foram desenvolvidos para proteger os humanos, começaram a atacar a humanidade como sendo superiores aos humanos. No entanto, o médico que desenvolveu os Reploids previu o pior e deixou o Reploid chamado Rockman X, que está em constante crescimento para proteger a humanidade, como um último trunfo... X e Zero serão capazes de derrotar Sigma, o inimigo mais poderoso que considera os humanos como Irregulares e quer eliminar a raça humana?!