Depois de treinar no exterior, Link está navegando de volta para Hyrule, mas naufraga em uma violenta tempestade. Ele acorda na ilha de Koholint, e é levado para a casa de um homem gentil chamado Tarin, e sua filha Marin (que tem uma forte semelhança com a princesa Zelda). Uma misteriosa coruja diz a Link que, para voltar para casa, ele deve despertar o Peixe do Vento, reunindo e tocando os oito Instrumentos das Sereias. Quando Link toca a Balada do Peixe Eólico com todos os oito Instrumentos, ele pode entrar no ovo gigante no topo das Montanhas Tal Tal, onde o Peixe do Vento dorme. Lá ele deve enfrentar o último pesadelo, aparições sombrias que incluem visões umbral de inimigos do passado de Link.