Dez mil anos atrás, um grande e poderoso Digimon foi derrotado e selado pelos Cavaleiro Reais. Anos mais tarde, um vírus infectou o mundo digital, deixando apenas aqueles que possuíam o X-Anticorpo restante. Os únicos membros dos Cavaleiros Reias restantes são Omegamon X, Dukemon X e Magnamon. No início da série, o "Deus da Morte" MetalPhantomon desenha Hikaru, Kiyoshi, Masuken, e Teru para o mundo digital. Originalmente, Hikaru é deixado sozinho com seu Digimon (que começa como uma Dorimon), e tem que lutar contra seus amigos, Teru e Masuken, que estão sob o controle de MetalPhantomon.