A história continua onde a primeira temporada parou apenas alguns meses no futuro. Youkai Gakuen foi reparado e o novo semestre está em andamento. Tsukune ea gangue estão de volta, e mais poderoso do que nunca. A verdadeira identidade de Anti-Tese é aliviada. Com os novos adversários que se desenham no horizonte, e algo muito mais sinistro que a gangue já enfrentou antes. Tsukune está lutando com o monstro dentro dele. Com a ajuda de Moka, Mizore, Kurumu, Ruby, e Yukari. Tsukune treina para obter o seu sangue de vampiro sob controle e a força para proteger o que ele tanto preza. A nova temporada se concentra mais nas meninas, o seu passado, e suas famílias. Novos confrontos esperam. Novos amigos e aliados vão se juntar a eles por seu lado. Juntos, eles vão descobrir os segredos do rosári