A história narra as aventuras de Taiki Kudou e seus amigos no Mundo Digital que atravessa um período de guerra que lembra os tempos feudais no Japão. O objetivo dos exércitos parece ser unicamente o de conquistar território, para isso unindo os 108 Code Crowns, e reinando o Mundo Digital. Mas por quê Taiki foi chamado para o meio da confusão?