A história se passa na linha oficial de Code Geass igual ao anime, mas em uma era diferente. O personagem do título, Renya, é um menino de 17 anos de idade, com um braço esquerdo mecânico e jogar estrelas shuriken é uma de suas armas de escolha. A história começa quando Renya encontra uma misteriosa e permanentemente jovem bruxa, chamado "Reifū CC" C.C. aparece na histórica era Edo do Japão para buscar um novo parceiro para a aliança. Enquanto isso, um homem misterioso, com uma notável semelhança com a personagem Lelouch do anime original também aparece com intenções desconhecidas.