No Japão moderno, humanos com "poder divino" são chamados de "Himiko", e uma vez recebendo a certificação nacional, eles são chamados de "Kamisama" ou "Deus". Após a morte da avó de Nagi, o santuário de sua cidade fica sem um deus e está com problemas. O irmão gêmeo de Nagi, Takeru, herdou o poder divino, mas infelizmente é um hikikomori. Sem saber como, Nagi recebe uma carta aceitando sua matrícula na "Kamisama Gakkou", a escola que forma Himikos.