Dante Ushiromiya, um estudante do colégio Babylon localizado na ilha flutuante Apocalypse, começa a questionar a realidade de seu mundo quando relembra de seu misterioso encontro com a misteriosa garota chamada Anna. Em um mundo sombrio e maravilhoso que mistura ciência e magia, Dante embarca em uma jornada para descobrir a verdade sobre a criação de seu mundo e a identidade de Anna, uma jovem que pode ser a chave para desvendar esse mistério.