O mundo de “Black Cat” é controlado por uma organização secreta chamada Chronos. Sob o comando desta misteriosa organização estão os "Chrono Numbers", um grupo de poderosos assassinos que matam de acordo com a vontade da organização. Train Heartnet é um dos mais poderosos assassinos, o "Número XIII", ou simplesmente “Black Cat” devido a suas rápidas reações a ataques e também por seu título ser "Número 13". Ele é um mestre nas armas e também um assassino frio e impiedoso, até conhecer Saya, uma caçadora de recompensas que lhe mostra o valor da vida humana e que alguém deve viver para corrigir os erros dos outros, em vez de simplesmente morrer por isso.