Psyren conta a história de Yoshina Ageha, um estudante colegial que acaba tendo que participar de uma espécie de jogo chamado Psyren. Tudo isso começa quando, um dia, ao voltar para casa, ele resolve atender um orelhão que estava tocando, e, ao atender, ele vê um estranho monstro em cima da cabine. Quando esse monstro desaparece, ele acha um cartão vermelho com o nome Psyren escrito nele...